{"id":468310,"date":"2024-01-18T14:16:26","date_gmt":"2024-01-18T13:16:26","guid":{"rendered":"https:\/\/innovationorigins.com\/?p=468310"},"modified":"2024-01-18T14:16:26","modified_gmt":"2024-01-18T13:16:26","slug":"deze-software-volgt-bewegingen-binnen-cellen-en-maakt-weg-vrij-voor-effectievere-antibiotica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/nl\/deze-software-volgt-bewegingen-binnen-cellen-en-maakt-weg-vrij-voor-effectievere-antibiotica\/","title":{"rendered":"Deze software volgt bewegingen binnen cellen en maakt weg vrij voor effectievere antibiotica"},"content":{"rendered":"\n

Wetenschappers van Wageningen Universiteit ontwikkelden software die nauwkeurig de bewegingen van deeltjes binnen bacteri\u00eble cellen volgt. Dankzij deze technologie kunnen DNA-eiwitten beter worden gevolgd en hun functies worden bestudeerd, schrijft de universiteit in een persbericht<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Waarom je dit moet lezen:<\/h2>

De celactiviteit van bacteri\u00ebn blijft een mysterie; TARDIS wil er licht op werpen.<\/p><\/div>\n\n\n\n

De software – TARDIS genaamd en ontwikkeld met andere internationale partners – opent nieuwe mogelijkheden in biologisch onderzoek, zoals de ontwikkeling van antibiotica.<\/p>\n\n\n\n

\u201cSommige antibiotica werken door bepaalde moleculaire machines in de cel te blokkeren\u201d, vertelt Koen Martens, eerste auteur van de publicatie. De software maakt het mogelijk het gedrag van meerdere van die machines gelijktijdig te bestuderen en zo sneller inzicht te krijgen in de effectiviteit van een antibioticum.<\/p>\n\n\n\n

Meer deeltjes visualiseren<\/h2>\n\n\n\n

Deeltjes in een cel zichtbaar maken met een biologische techniek kunnen wetenschappers al langer, bijvoorbeeld door er een soort fluorescerende balletjes aan te koppelen. \u201cMaar daarmee kun je slechts \u00e9\u00e9n deeltje tegelijkertijd volgen\u201d, zegt Martens. De biomoleculen bewegen namelijk razendsnel; sneller dan camera\u2019s kunnen vastleggen. Dat resulteert in een soort haperende film met verspringende frames. Volg je \u00e9\u00e9n deeltje, is dat geen probleem: dan vul je de ontbrekende beweging zelf in. \u201cMaar verspringen twee of meer deeltjes, die er op film precies hetzelfde uitzien, kun je niet met zekerheid zeggen welk deeltje op het eerste frame overeenkomt met welk deeltje op het volgende frame\u201d, aldus Martens.<\/p>\n\n\n\n

Daar maakt nu computerrekenkracht zijn intrede. De ontwikkelde software maakt gebruik van kansberekening om het alle mogelijke paden van de deeltjes te calculeren, mede door rekening te houden met biologische dynamiek en natuurkundige krachten. Zo bepaalt het welk deeltje op elk frame overeenkomt met een deeltje op de opvolgende frames. Dat is behoorlijk nauwkeurig, volgens de onderzoekers. Ze testten de software op een bekende bewegingspatronen zoals diffusie, onder complexere omstandigheden dan eerder mogelijk was. \u201cOns programma berekende precies de juiste beweging\u201d, aldus Martens. Daarvoor heeft de computer niet veel informatie nodig: slechts de co\u00f6rdinaten van de deeltjes op verschillende tijdstippen, zoals vastgelegd met een microscoop.<\/p>\n\n\n\n

Voor het eerst kunnen globale bewegingspatronen in de cel helder worden gemeten. Johannes Hohlbein, universitair hoofddocent Biofysica, wijst echter op een beperking: \u201cE\u00e9n specifiek deeltje, zoals een eiwit, live volgen is met deze methode niet meer mogelijk, maar we kunnen nu gegevens sneller verwerken\u201d, verklaart hij. Zie het als een bovenaanzicht van een kudde schapen: de computer voorspelt hoe de kudde beweegt, maar volgt niet het pad van elk individueel schaap.<\/p>\n\n\n

<\/a>
<\/div><\/div>
Veelbelovend apparaat voor pluimveehouderij: UV-desinfectie in plaats van antibiotica<\/div>
Grootschalige boerderijen gebruiken vaak antibiotica om ziektes te voorkomen, maar na verloop van tijd kan resistentie een probleem vormen. <\/div><\/div><\/div>\n\n\n

DNA-reparatie<\/h2>\n\n\n\n

Het idee voor de software ontstond in 2020 tijdens het promotieonderzoek van Martens in Wageningen \u201cZijn proefschrift was toen al zo lang dat er geen ruimte meer was voor dit onderzoek\u201d, zegt Hohlbein. Daarom werkten Martens en Hohlbein het idee later uit, samen met collega\u2019s aan Carnegie Mellon University en de universiteit van Bonn Tijdens zijn huidige onderzoek past Martens zijn software al toe om DNA-reparatie te bestuderen in eencelligen. \u201cBiologische interpretatie heb ik nog niet, maar ik kan met mijn software nu voor het eerst de reparatiekit in de cel van minuut tot minuut volgen\u201d, aldus Martens.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Wetenschappers van Wageningen Universiteit ontwikkelden software die nauwkeurig de bewegingen van deeltjes binnen bacteri\u00eble cellen volgt. Dankzij deze technologie kunnen DNA-eiwitten beter worden gevolgd en hun functies worden bestudeerd, schrijft de universiteit in een persbericht. De software – TARDIS genaamd en ontwikkeld met andere internationale partners – opent nieuwe mogelijkheden in biologisch onderzoek, zoals de […]<\/p>\n","protected":false},"author":2589,"featured_media":505214,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"advgb_blocks_editor_width":"","advgb_blocks_columns_visual_guide":"","footnotes":""},"categories":[90877],"tags":[100735,62973],"location":[6759],"article_type":[60156],"serie":[],"archives":[],"internal_archives":[],"reboot-archive":[82795],"class_list":["post-468310","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-digital-nl-nl","tag-antibiotica-en-nl","tag-wageningen-university-research-nl","location-nederland","article_type-nieuws","reboot-archive-data"],"blocksy_meta":[],"acf":{"subtitle":"Onderzoekers van Wageningen Universiteit ontwikkelden software die bacteri\u00eble celmonitoring verbetert, wat de weg vrijmaakt voor een betere ontwikkeling van antibiotica.","text_display_homepage":false},"author_meta":{"display_name":"Team IO","author_link":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/author\/erikdevries\/"},"featured_img":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-content\/uploads\/2024\/01\/innovationorigins_the_inside_of_a_bacterial_cell_with_particles_73b7468b-ec27-461b-8f16-fb9a60779392.png","coauthors":[],"tax_additional":{"categories":{"linked":["Digital<\/a>"],"unlinked":["Digital<\/span>"]},"tags":{"linked":["antibiotica<\/a>","Wageningen University & Research<\/a>"],"unlinked":["antibiotica<\/span>","Wageningen University & Research<\/span>"]}},"comment_count":"0","relative_dates":{"created":"Posted 2 years ago","modified":"Updated 2 years ago"},"absolute_dates":{"created":"Posted on January 18, 2024","modified":"Updated on January 18, 2024"},"absolute_dates_time":{"created":"Posted on January 18, 2024 2:16 pm","modified":"Updated on January 18, 2024 2:16 pm"},"featured_img_caption":"","series_order":"","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/468310","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2589"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=468310"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/468310\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/media\/505214"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=468310"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=468310"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=468310"},{"taxonomy":"location","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/location?post=468310"},{"taxonomy":"article_type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/article_type?post=468310"},{"taxonomy":"serie","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/serie?post=468310"},{"taxonomy":"archives","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/archives?post=468310"},{"taxonomy":"internal_archives","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/internal_archives?post=468310"},{"taxonomy":"reboot-archive","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/reboot-archive?post=468310"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}