{"id":285479,"date":"2021-04-23T09:00:00","date_gmt":"2021-04-23T07:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/innovationorigins.com\/?p=285479"},"modified":"2021-04-23T09:00:00","modified_gmt":"2021-04-23T07:00:00","slug":"computeralgoritme-brengt-genen-in-kaart","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/nl\/computeralgoritme-brengt-genen-in-kaart\/","title":{"rendered":"Computeralgoritme brengt genen in kaart"},"content":{"rendered":"\n

Biowetenschappers\u00a0van de\u00a0\u00c9cole polytechnique f\u00e9d\u00e9rale de Lausanne<\/em>\u00a0hebben een computeralgoritme\u00a0ontwikkeld dat gensequenties kan omzetten in\u00a0een\u00a0ruimtelijk\u00a0patroon\u00a0zonder dat daarvoor een microscoop nodig is.\u00a0Het algoritme wordt Tomographer genoemd, een term (tomografie) die slaat op het weergeven van een doorsnede van een driedimensionaal object.\u00a0<\/p>\n\n\n\n

Tomographer<\/h3>\n\n\n\n

Bij de nieuwe techniek wordt het weefsel eerst langs de gewenste as in opeenvolgende doorsneden gesneden, die vervolgens elk onder een andere hoek in plakjes weefsel worden verdeeld. Cellen uit\u00a0de plakjes\u00a0worden vervolgens opgesplitst om hun totale messenger-RNA (mRNA) te verzamelen. Elk mRNA komt overeen met een gen dat in de cel actief was. De metingen van de\u00a0plakjes\u00a0worden gebruikt als input voor het algoritme, de\u00a0Tomographer,\u00a0om ruimtelijke genexpressiepatronen in het weefsel te reconstrueren.<\/p>\n\n\n\n

Genexpressie<\/h3>\n\n\n\n

Met genexpressie wordt bedoeld dat een gen tot uiting komt als hij uit het DNA wordt omgezet naar RNA en daarna wordt vertaald naar een aminozuursequentie waaruit een eiwit ontstaat. <\/p>\n\n\n\n

De gangbare\u00a0manier om genen in weefsels in kaart te brengen is\u00a0de\u00a0techniek\u00a0van\u00a0in situ hybridisatie<\/em>. Hierbij wordt\u00a0een doelgen gemerkt (\u2018gehybridiseerd\u2019) met een fluorescerende merker in het weefsel waarin het zich bevindt. De coupes\u00a0(plakjes van weefsel op een microscoopglaasje)\u00a0worden dan gevisualiseerd onder een gespecialiseerde microscoop om te zien waar het gen\u00a0zogezegd\u00a0oplicht. <\/p>\n\n\n\n

Ruimtelijke kaart<\/h3>\n\n\n\n

Opeenvolgende foto’s van elke sectie worden samengevoegd om een\u00a0\u2018ruimtelijke\u2019\u00a0kaart te genereren van de locatie van het gen\u00a0binnen het weefsel.\u00a0Het probleem met methoden die gebruik maken van in situ hybridisatie is dat\u00a0er\u00a0gespecialiseerde apparatuur\u00a0voor nodig is. Met Tomographer moet dat tot het verleden behoren.\u00a0<\/p>\n\n\n\n

Met Tomographer is geen gespecialiseerde apparatuur\u00a0meer nodig voor het in kaart brengen van gensequentie<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

Informatie over genen neemt de laatste decennia sterk toe. Hoe meer informatie over gen-sequentie wordt verkregen, hoe groter de databases van celtypen worden, zowel in omvang als in complexiteit. De behoefte is om te begrijpen waar verschillende celtypes zich in het lichaam bevinden, en om hun genexpressiepatronen in kaart te brengen op specifieke plaatsen in weefsels en organen. Een gen kan bijvoorbeeld actief tot expressie komen in \u00e9\u00e9n cel, terwijl het in een andere cel onderdrukt wordt.<\/p>\n\n\n\n

Het werk is gepubliceerd in Nature Biotechnology<\/a>, een wetenschappelijk tijdschrift uit de familie van Nature.<\/p>\n\n\n\n

Lees ook over\u00a0een doorbraak in optische beeldvorming<\/a> van weefsel.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Biowetenschappers\u00a0van de\u00a0\u00c9cole polytechnique f\u00e9d\u00e9rale de Lausanne\u00a0hebben een computeralgoritme\u00a0ontwikkeld dat gensequenties kan omzetten in\u00a0een\u00a0ruimtelijk\u00a0patroon\u00a0zonder dat daarvoor een microscoop nodig is.\u00a0Het algoritme wordt Tomographer genoemd, een term (tomografie) die slaat op het weergeven van een doorsnede van een driedimensionaal object.\u00a0 Tomographer Bij de nieuwe techniek wordt het weefsel eerst langs de gewenste as in opeenvolgende doorsneden gesneden, […]<\/p>\n","protected":false},"author":1788,"featured_media":523821,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"advgb_blocks_editor_width":"","advgb_blocks_columns_visual_guide":"","footnotes":""},"categories":[96412],"tags":[108466,110971,110974,91726,110977],"location":[52897],"article_type":[60156],"serie":[],"archives":[],"internal_archives":[],"reboot-archive":[],"class_list":["post-285479","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-health-nl-nl","tag-ecole-polytechnique-federale-de-lausanne-nl","tag-in-situ-hybridisatie-nl","tag-mrna-nl","tag-newsletter-nl","tag-tomografie-nl","location-zwitserland","article_type-nieuws"],"blocksy_meta":[],"acf":{"subtitle":"Het bepalen van het ruimtelijke patroon van genexpressie in het lichaam zonder gebruik te maken van microscopen kunnen we gerust een kleine uitvinding noemen.","text_display_homepage":false},"author_meta":{"display_name":"Ewout Kieckens","author_link":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/author\/ewout-kieckens\/"},"featured_img":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-content\/uploads\/2021\/04\/microscope-2352651_1280-300x200.jpg","coauthors":[],"tax_additional":{"categories":{"linked":["Health<\/a>"],"unlinked":["Health<\/span>"]},"tags":{"linked":["\u00c9cole polytechnique f\u00e9d\u00e9rale de Lausanne<\/a>","in situ hybridisatie<\/a>","mRNA<\/a>","Newsletter<\/a>","tomografie<\/a>"],"unlinked":["\u00c9cole polytechnique f\u00e9d\u00e9rale de Lausanne<\/span>","in situ hybridisatie<\/span>","mRNA<\/span>","Newsletter<\/span>","tomografie<\/span>"]}},"comment_count":"0","relative_dates":{"created":"Posted 5 years ago","modified":"Updated 5 years ago"},"absolute_dates":{"created":"Posted on April 23, 2021","modified":"Updated on April 23, 2021"},"absolute_dates_time":{"created":"Posted on April 23, 2021 9:00 am","modified":"Updated on April 23, 2021 9:00 am"},"featured_img_caption":"","series_order":"","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/285479","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1788"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=285479"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/285479\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/media\/523821"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=285479"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=285479"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=285479"},{"taxonomy":"location","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/location?post=285479"},{"taxonomy":"article_type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/article_type?post=285479"},{"taxonomy":"serie","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/serie?post=285479"},{"taxonomy":"archives","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/archives?post=285479"},{"taxonomy":"internal_archives","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/internal_archives?post=285479"},{"taxonomy":"reboot-archive","embeddable":true,"href":"https:\/\/ioplus.nl\/archive\/wp-json\/wp\/v2\/reboot-archive?post=285479"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}